满清在新疆最重要的战略后勤基地巴里坤，曾经历过两次重要的战役，一次发生在清乾隆二十一年（1756年）十一月至二十二年（1757年）二月，一次发生在清同治四年（1865年）。

在清朝乾隆二十一年夏季，伊犁地区遭到清军北、西两路大军的占领。面对叛首阿睦尔撒纳逃至哈萨克境的局势，定西将军达尔党阿虽然未能成功捕获其人，并奉命返回师城。同时，在厄鲁特蒙古地区宰桑等人积极筹谋反抗。绰罗斯汗噶勒藏多尔济欺骗驻伊犁的定边右副将兆惠报假消息称辉特台吉巴雅尔入侵掳掠需求援助。尽管兆惠未意识到诡计，派遣宁夏将军建起率带百人赶赴支援，在途中不幸遭到叛旅埋伏并全军覆没。得知此事后，兆惠亲率500名手下清军自伊犁向东南挺进至鄂垒札拉图，在那里取得重大胜利击溃宰桑达什策零部；紧接着与敌方交战于库图齐地区当伊犁已经被叛军控制后，兆惠领军退守乌鲁木齐。至清朝乾隆二十二年（1757年）正月，兆惠部队抵达乌鲁木齐后，再次遭到噶勒藏多尔济及扎那噶尔布等叛军的包围。尽管清军每月与叛军激战数十次，持续连续作战多日，仍无法摆脱敌人的围攻；由于缺粮食，清军只能杀马填肚，在雪地中苦战后被迫撤退，并最终陷入特讷格（今新疆阜康）境地。巴里坤办事大臣雅尔哈善派遣侍卫图伦楚率领800士兵前往支援，在30日赶到特讷格。受困清军得以解围，使叛军建在离开。兆惠重新整顿队伍准备再战，并追捕巴雅尔至穆桑河源，并最终回师巴里坤。

清同治四年（1865年），西域所有的清军都陷入孤军作战，南疆西四城音信全无，北疆四城中只剩困守伊犁孤城惠远的明绪，被哈萨克人困在塔城中的武隆额，东疆有惠庆困守古城子，札克当阿守着哈密，何琯守着巴里坤，库车的热西丁抓住机会派遣悍将伊斯哈克攻打进关通道巴里坤。如果巴里坤失守，叛军既可东下叩开嘉峪关与肃州马文禄和宁夏马化龙汇合，也可以北上夺取科布多横扫乌里雅苏台，逼近北京。热西丁的情报工作极为出色，他派遣数百名间谍伪装成客商混进巴里坤，传回清军的部署武器情报。可是百密一疏，满营镶黄旗佐领讷尔济发现并抓获了这些间谍，清军将他们割喉剥皮焚烧。悍将伊斯哈克怒不可恕的率领万余叛军抵达巴里坤，“矛戈如林，城内皆股栗”，连营数里，何琯给两千守城的满汉官兵打气，说这是背水一战，如果战败估计全城没有活口，“誓众为背城计，众壮之”，大战一触即发。老金怀疑伊斯哈克也读过孙子兵法，所谓“围师必缺”，他把叛军部署在东、西、南三面，留出的北门让清军撤退。当夜西门的五千叛军正生火做饭，满营讷尔济督带九百名八旗兵突袭敌营，叛军先是惊慌失措，搞清楚情况后凭人数优势蜂拥上来迎战，双方虽数量悬殊，但枪炮对射，战况异常激烈。伊斯哈克总算是开了眼，知道了巴里坤清军的悍勇，叛军乘虚向南城和东城发起进攻，守东门的是绿营千总傅国相，守南门的是满八旗协领伊勒屯，还没等叛军接近城墙，清军大炮就开始乱轰乱炸，叛军残众好不容易摸到了城墙根，又被城墙上老百姓熬制的金水倾盆招呼，金水就是烧开的粪便，这玩意一旦烧开了散热很慢，烫伤效率那是没得说了，而且容易感染，几乎烫一个死一个。八旗兵随后又搬来先进的克虏伯后膛大炮，用狙击战术定点清除在后队督战，那些骑在马上的叛军指挥官，“出大炮，连轰皆中”，“贼大奔”，百姓见到清军大炮连续击中，一片欢呼喝彩，全城进入癫狂的状态，城门大开，清军和百姓几乎全部倾巢而出，老少爷们儿都拿着武器参与追击叛军，叛军见状顿时爆发营啸，彻底收不住阵了，弃营而逃，清军大获全胜，夺得大量军械粮食牲畜。这一战让热西丁尝足了巴里坤清军的战斗力，军机处给巴里坤守军各级将领连升三级，均从优奖恤。热西丁当然咽不下这口气，第二个月又卷土重来进军巴里坤。